广东省微生物菌种保藏中心（广东省微生物种质资源库）技术依托于广东省微生物研究所，是为科研和生产提供微生物菌种资源共享服务的专业平台。1987年，在广东省科学技术厅和广东省科学院的大力支持下成立，1990年开始使用。经过科研人员多年的努力，2005年6月，“广东省微生物菌种保藏中心（广东省微生物种质资源库）”的建设已经通过广东省科技厅和广州市科技局的验收，并于2005年6月28日得到了广东省科技厅和广州市科技局授牌。中心从1987年成立至今，累计投入资金（含自筹）1000多万元，已经成为华南地区最大、最专业的微生物菌种保藏中心。             

中心负责人是朱红惠研究员，中心现有研究人员16名，其中高级职称3名，中级职称5名，博士3名；主要从事具有热带亚热带特色的微生物菌种资源分离、收集、鉴定、选育、保藏、交换和应用研究。至2008年6月，菌种保藏中心已经建成拥有普通微生物菌种库和13个专业菌种库的华南地区最大的菌种保藏中心，保藏有可用于科研、教学、生产的功能菌种和标准菌种约3900株，基本覆盖了环境、工业、农业、分析、食、药用真菌行业各类生产和科研教学用微生物，保藏的菌种具有热带亚热带特色，其中许多优良菌株的生产性能具有较高水平。目前该中心已被国家农业部指定为企业报批产品所需饲料微生物菌种的法定单位，已经为国内多家大专院校、科研单位和生产企业提供菌种服务，为国家发展农业经济做出了积极的贡献。同时该中心也作为唯一的一家省属菌种保藏中心参加了国家科技部的“微生物资源平台”项目，使广东省的微生物菌种资源研究在国内具有了一定的知名度。

中心近年来主持和承担了国家自然科学基金项目6项、973前期研究专项1项、国家科技部国际合作项目1项、国家科技部微生物资源平台建设项目子课题1项、广东省自然科学基金团队项目及其他省部级项目20多项；3项研究成果达到国际先进水平，近2年获得省部级奖励4项，以第一发明人申请了5项国家发明专利（已经授权2项）；发现新物种多个，特别是从原始森林土壤中分离到一株能高产紫罗兰蓝色色素的链霉菌新种，该菌种为天然蓝色素的生产提供了新的来源，在食品添加剂、化妆品和纺织行业有着巨大的应用前景，该菌种已经获得国家发明专利。描述该菌种分类地位的文章已经在国际权威的系统分类学杂志《International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology》发表。《科学时报》对该菌种的发现也做了详细报道；共发表论文40多篇，其中SCI收录8篇。